Méthodes · Transmission d’analyse
Comment transmettre un dossier d’analyse scientifique reproductible ?
Transmettre ne consiste pas seulement à envoyer un ZIP : il faut un chemin vérifiable des entrées autorisées aux résultats définis. Précisez versions, ordre, environnement et critères, puis réexécutez dans un répertoire distinct et consignez les écarts.
Ce guide concerne des matériaux publics ou synthétiques dont vous êtes autorisé à vous servir. Il explique où un collaborateur commence et comment il vérifie les résultats. Le contrôle avant soumission examine la cohérence du manuscrit ; cette page traite de la régénération avec les mêmes matériaux et le même code.
Nous adoptons la définition de The Turing Way : mêmes données et mêmes étapes pour reproduire les résultats. Les termes varient selon les disciplines. Une réexécution ne remplace ni validation sur de nouvelles données, ni robustesse avec d’autres méthodes, ni généralisation.
Un répertoire minimal, un rôle explicite par fichier
Ces noms sont des propositions pédagogiques, non un logiciel obligatoire ou un format d’export RigorMed. Adaptez-les au projet et décrivez l’obtention des entrées et la production des sorties.
| Emplacement illustratif | À documenter | Vérification du destinataire |
|---|---|---|
| README | Périmètre, droits, point d’entrée, ordre, sorties, conditions d’arrêt et rôle de contact | Début et limites sans explication orale |
| inputs/ et data-dictionary | Version de source ou ID de fichier, chemins relatifs, unités, codes et valeurs manquantes ; accès licite si redistribution interdite | Entrées accessibles correspondant à l’analyse |
| scripts/ et analysis-plan | Ordre de nettoyage, analyse, tableaux/figures ; paramètres et règles d’éligibilité | Chaque résultat a une étape de production, pas une copie manuelle |
| environment | Versions réelles du système, langage et dépendances, installation ; graines, threads et limites matérielles si utiles | Exécution dans l’environnement déclaré, pas seulement « dernière version » |
| expected/ et output-map | Fichiers attendus, correspondance tableaux/figures, champs et tolérances prédéfinies | Concordance du contenu, non existence ou arrondi semblable |
| rerun-record | Date, environnement, étapes, état de sortie, écarts et tâches inachevées réels | Séparer non exécuté, échec, réussite partielle et périmètre contrôlé |
Retirez secrets, jetons, chemins personnels absolus et données ligne par ligne non partageables. Distinguez licence du code, conditions des données et restrictions d’accès. Téléchargeable ne veut pas dire redistribuable.
Inventorier puis réexécuter sans emprunter les anciens résultats
Fixer les résultats visés
Précisez version du manuscrit ou de l’analyse, tableaux/figures principaux et plan. Ne mélangez pas sorties exploratoires et résultats formels. Notez matériaux manquants et droits incertains ; ne reconstituez pas les données brutes depuis l’article.
Relier entrées, étapes et sorties
Pour chaque tableau ou figure, consignez entrées, scripts producteurs, paramètres et chemins de sortie. Utilisez chemins relatifs et dépendances explicites. Documentez règles et traces réelles des choix manuels, sans les appeler automatiques.
Décrire un environnement et une entrée exécutables
Le README du dossier doit indiquer les commandes d’installation et d’exécution réellement testées, le répertoire et l’ordre. Cette page n’invente pas de commande universelle. Une graine ne garantit pas l’identité bit à bit entre logiciels, threads ou matériels.
Exécuter dans un nouveau répertoire
Conservez entrées originales et résultats formels, stockez les nouvelles sorties séparément. Copier expected/ n’est pas recalculer. Les sources en ligne doivent avoir version fixe et accès licite, non des liens privés changeants.
Comparer selon des critères préalables
Comparez d’abord effectifs, dénominateurs, variables, modèles et unités, puis estimations, intervalles et données des tableaux/figures. Isolez les écarts non scientifiques, comme les dates. Ne relâchez pas les tolérances après avoir vu les différences.
Consigner les échecs avant transmission
Gardez traces d’exécution et écarts. Entrée absente, dépendance défaillante ou résultat clé différent bloque la conclusion concernée : ni zéros ajoutés ni sortie retouchée. Des fichiers sans exécution restent à réexécuter ; une réussite ne certifie ni autres environnements ni qualité.
Fragment synthétique : plus précis que « un CSV existe »
Une entrée pédagogique originale contient une colonne x et 5 lignes : 1, 2, 3, 4 et une case vide. Pour ce seul exercice arithmétique, la règle préalable est la moyenne non manquante sans imputation : total 5, valides 4, manquante 1, moyenne 2.5. Ce ne sont ni patients, ni résultat de recherche, ni conseil statistique, ni exécution du produit.
On peut relier n_total/n_valid/n_missing/mean_x de summary.csv aux contrôles du README. Le journal indique séparément commandes, environnement et comparaison réels. Créer un fichier contenant 2.5 ne prouve pas un calcul exécuté.
Si la moyenne vaut 2.0, vérifiez si le vide est devenu 0 ; avec 5 valeurs valides, examinez lecture et prétraitement. Ne modifiez pas d’abord l’attendu. Il faut exposer règles et dénominateurs, pas seulement un tableau ressemblant.
Demander à l’IA d’organiser les lacunes, non de déclarer la réussite
Matériaux proposés : inventaire autorisé, dictionnaire public ou synthétique, README existant, instructions confirmées et résumé d’exécution expurgé. N’envoyez pas de lignes de patients, d’identifiants secrets ou de textes non partageables pour organiser une liste.
Demande adaptable : avec les seules pièces fournies, établir tableau et README reliant résultat visé—version/emplacement d’entrée—étapes/paramètres—sortie—champs de validation—lacunes. Si commande, version ou preuve d’exécution manque, indiquer à confirmer ; ne pas inventer environnement, résultat ou validation.
Produits proposés : carte de transmission, brouillon README et questions ouvertes. Ce n’est ni une exécution réelle ni un bénéfice client. Exécuter un code particulier demande un examen distinct des matériaux, capacités, droits et confirmation préalable.
Cinq questions à la transmission
Cinq questions à la transmission
- Le destinataire peut-il obtenir légalement la même entrée, avec dictionnaire et paramètres clairs ?
- Chaque sortie clé a-t-elle une étape productrice, plutôt qu’un fichier manuel sur le poste de l’auteur ?
- Environnement, commandes et ordre ont-ils été testés, avec les parties non testées signalées ?
- A-t-on comparé contenu, dénominateurs, unités et tolérances préalables, non le seul code 0 ou l’existence ?
- Échecs, travail non exécuté, étapes manuelles et parties non publiques sont-ils déclarés honnêtement ?
Un chemin reproductible ne prouve ni conception appropriée, ni contrôle des biais, ni autorisation, ni validité causale. Les politiques PLOS concernent ce système éditorial, pas toutes les revues. Expliquez restrictions et accès licite selon la politique applicable, sans diffuser de données sensibles.
Sources vérifiées
Les sources officielles ont été vérifiées le 2026-10-21; les conditions et dates sont revérifiées avant publication.
- The Turing Way : définitions de reproductibilité
Reproduction avec mêmes données et étapes, distincte des tests sur nouvelles données ; terminologie variable.
- PLOS : partage des matériaux, logiciels et code
Code, documentation, dépendances, jeux de test et restrictions dans le champ de la politique.
Reproductibilité et transmission scientifique
Transformer les pièces existantes en transmission vérifiable
Dans l’espace RigorMed, décrivez droits, fichiers et question de transmission ; adaptez la demande ci-dessus. Confirmez le périmètre pris en charge et les livrables réels, puis contrôlez sources, exécution et écarts. Organiser une liste ne constitue pas une réexécution.