Métodos · Entrega de análisis
Cómo entregar un paquete de análisis de investigación reproducible
Entregar no es enviar solo un ZIP, sino una ruta verificable desde entradas autorizadas hasta resultados definidos. Documente versiones, orden, entorno y criterios; reejecute en un directorio separado y registre diferencias.
Para materiales públicos o sintéticos cuyo uso esté autorizado: explica dónde empieza un colaborador y cómo comprueba los resultados. La guía de revisión previa al envío verifica coherencia en el manuscrito; esta guía trata de regenerar resultados con los mismos materiales y código.
Adoptamos el uso de The Turing Way: reproducibilidad computacional con los mismos datos y pasos analíticos. Los términos varían entre disciplinas. Una reejecución no sustituye la validación con datos nuevos, la robustez con otros métodos ni la generalización.
Un directorio mínimo con responsabilidades claras
Los nombres son sugerencias didácticas, no software obligatorio ni un formato de exportación de RigorMed. Adáptelos y explique cómo se obtiene cada entrada y se genera cada salida.
| Ubicación de ejemplo | Qué documentar | Qué comprueba el receptor |
|---|---|---|
| README | Alcance, permisos, punto de entrada, orden, salidas, condiciones de parada y función de contacto | Inicio y límites sin instrucciones orales |
| inputs/ y data-dictionary | Versión de fuente o ID de archivo, rutas relativas, unidades, códigos y valores ausentes; adquisición lícita si no se permite redistribuir | Entradas accesibles que corresponden a la versión analizada |
| scripts/ y analysis-plan | Orden de limpieza, análisis y tablas/figuras; parámetros y criterios de selección | Cada resultado tiene un paso productor, no cifras copiadas |
| environment | SO, lenguaje y paquetes realmente utilizados, instalación; semillas, hilos y límites de hardware cuando proceda | Ejecutar en el entorno declarado, no solo «última versión» |
| expected/ y output-map | Archivos previstos, correspondencia con tablas/figuras, campos y tolerancias predefinidas | Concordancia de contenido, no mera existencia o redondeo similar |
| rerun-record | Fecha, entorno, pasos, estado de salida, diferencias y trabajo pendiente reales | Separar no ejecutado, fallido, aprobado parcialmente y alcance revisado |
Retire secretos, tokens, rutas personales absolutas y materiales por fila que no puedan compartirse. Separe licencia del código, condiciones de datos y restricciones. Poder descargar no implica poder redistribuir.
Inventariar y reejecutar sin reutilizar resultados antiguos
Fijar los resultados objetivo
Identifique versión de manuscrito o análisis, tablas/figuras principales y plan. No mezcle exploraciones con resultados formales. Anote materiales ausentes o permisos inciertos; no reconstruya datos brutos desde el artículo.
Conectar entradas, pasos y salidas
Por tabla o figura, registre ubicación de entrada, scripts, parámetros y salida. Use rutas relativas y dependencias explícitas. Las decisiones manuales necesitan reglas y registros reales, no la etiqueta «automático».
Documentar un entorno y una entrada ejecutables
El README debe incluir comandos de instalación y ejecución probados por el autor, directorio de trabajo y orden. No inventamos aquí un comando universal. Una semilla no garantiza igualdad bit a bit entre software, hilos o hardware.
Ejecutar en un directorio nuevo
Conserve originales y salidas formales; guarde lo nuevo aparte. No copie expected/ como si fuese cálculo nuevo. Las fuentes en línea requieren versiones fijas y acceso lícito, no enlaces privados cambiantes.
Comparar con criterios previos
Revise primero tamaños muestrales, denominadores, variables, modelos y unidades; después estimaciones, intervalos y datos de tablas/figuras. Separe cambios no científicos como fechas. No amplíe tolerancias numéricas tras ver discrepancias.
Registrar fallos antes de entregar
Conserve ejecución y diferencias. Entradas ausentes, dependencias fallidas o resultados clave distintos detienen las conclusiones afectadas: no rellene ceros ni edite salidas para coincidir. Archivos sin ejecución son pendientes; un éxito no certifica otros entornos ni calidad científica.
Ejemplo sintético: más preciso que «se generó un CSV»
Una entrada didáctica propia tiene una columna x y 5 filas: 1, 2, 3, 4 y un vacío. Solo en este ejemplo aritmético se predefine la media no ausente sin imputación: total 5, válidos 4, ausentes 1, media 2.5. No son pacientes, hallazgos reales, consejo estadístico ni una ejecución del producto.
El mapa puede conectar n_total/n_valid/n_missing/mean_x de summary.csv con comprobaciones del README. El registro documenta comandos, entorno y comparación reales. Crear un archivo con 2.5 no demuestra que se ejecutara el cálculo.
Si la media es 2.0, compruebe si el vacío se convirtió en 0; si hay 5 válidos, revise lectura y preprocesamiento. No cambie primero la expectativa. Se necesitan reglas y denominadores, no solo una tabla visualmente igual.
Pedir a la IA que ordene lagunas, no que declare éxito
Materiales propuestos: inventario autorizado, diccionario público o sintético, README existente, instrucciones confirmadas y resumen de ejecución sin información sensible. No cargue filas de pacientes, credenciales ni textos que no puede compartir para ordenar una lista.
Petición adaptable: usando solo los materiales, redacte una tabla y README que conecten resultado objetivo—versión/ubicación de entrada—pasos/parámetros—salida—campos de aceptación—lagunas. Si faltan comandos, versiones o pruebas de ejecución, marque pendiente; no invente entorno, resultados o aprobaciones.
Se proponen un mapa de entrega, README y preguntas pendientes; no son una ejecución real ni un resultado de cliente. Ejecutar código concreto requiere revisar materiales, capacidad, permisos y confirmación previa por separado.
Cinco preguntas al entregar
Cinco preguntas al entregar
- ¿Puede obtenerse legalmente la misma entrada con diccionario y parámetros claros?
- ¿Cada salida clave tiene paso generador, no un archivo manual en el equipo del autor?
- ¿Se probaron entorno, comandos y orden y se señalaron partes no probadas?
- ¿Se compararon contenido, denominadores, unidades y tolerancias previas, no solo código 0 o existencia?
- ¿Se registraron honestamente fallos, tareas no ejecutadas, pasos manuales y partes no públicas?
La ruta reproducible no prueba diseño apropiado, control del sesgo, permisos ni validez causal. Las políticas de PLOS corresponden a ese sistema editorial, no a todas las revistas. Explique restricciones y acceso lícito según la política aplicable, sin divulgar datos sensibles.
Fuentes verificadas
Las fuentes oficiales se verificaron el 2026-10-21; las condiciones y fechas se revisan antes de publicar.
- The Turing Way: definiciones de reproducibilidad
Mismos datos y flujo frente a comprobación con datos nuevos; la terminología varía.
- PLOS: compartir materiales, software y código
Código, documentación, dependencias, materiales de prueba y restricciones dentro del ámbito de la política.
Reproducibilidad y entrega de investigación
Convertir materiales existentes en una entrega revisable
En el espacio de RigorMed describa permisos, archivos y pregunta de entrega, adaptando la petición anterior. Confirme alcance y productos reales y revise fuentes, registros y diferencias. Organizar la lista no equivale a reejecutar.