科研方法 · 分析包交接
科研分析复现包怎么交接？从README到重跑验收
交接的不是一个压缩包，而是一条从已授权输入到指定结果的可检查路径。先写明输入版本、执行顺序、环境与输出判据，再让接收者在隔离目录重跑并记录差异。
本页面向有权使用的公开或合成研究材料，解决“另一位合作者拿到文件后，如何知道从哪里开始、怎样核对结果”。投稿检查页负责稿件中的数字与证据是否一致；这里负责这些结果能否沿同一材料和代码重新生成。
本文采用The Turing Way的计算复现用法：用同一数据和同一分析步骤重新得到结果。不同学科术语可能不同；用新数据验证、换方法检验稳健性和证明结论可推广，都不是一次重跑可以替代的。
一份最小交接目录，各文件必须有责任
以下名称是教学组织建议，不是必须安装的软件或本站导出格式。按真实项目调整，说明每个输入如何取得、每个输出由哪一步产生。
| 位置示例 | 应写清什么 | 接收者如何核对 |
|---|---|---|
| README | 研究范围、材料权限、入口、步骤顺序、预期输出、停止条件和联系人角色 | 不靠作者口头补充就能知道第一步及限制 |
| inputs/ 与 data-dictionary | 来源版本或文件ID、相对路径、单位、编码、缺失约定；无再分发许可时仅给合法获取说明 | 实际可取得的输入是否与分析版本一致 |
| scripts/ 与 analysis-plan | 清洗、分析、表图生成的顺序、参数与纳排规则 | 每个关键结果是否有生产步骤，而非手工抄数 |
| environment | 操作系统、语言和包的实际版本、安装说明；适用时记录随机种子、线程与硬件限制 | 是否能在声明的环境执行，而非只有“最新版” |
| expected/ 与 output-map | 预期文件、表图对应关系、需要一致的字段及事先规定的容差 | 不把文件存在或四舍五入后相似当数值一致 |
| rerun-record | 实际日期、环境、执行步骤、退出状态、差异与未完成项 | 明确未运行、失败、部分通过与已核对范围 |
交接前移除密钥、访问令牌、绝对个人路径和不允许公开的行级材料。代码许可、数据使用条件和访问限制分别说明；可下载不等于可再分发。
先建清单，再做一次不借旧结果的重跑
锁定要复现的结果
指定本次稿件或分析版本、主要表图及对应方案，不把探索性输出混进正式结果。材料缺失或授权不清时先列缺口，不能从论文反推原始数据。
把输入、步骤与输出逐项连接
为每张表或图记录输入位置、产生它的脚本、参数及输出路径。使用相对路径，列清前后依赖；若某步仍需人工选择，写明决定规则和真实记录，不能藏成“自动完成”。
写出确实可执行的环境与入口
README列出实际验证过的安装与运行命令、工作目录和顺序。本文不提供未经验证的通用运行命令；原作者应在自己的交接包中填写。随机种子不保证跨软件、线程或硬件逐位相同。
在新目录运行，不覆盖原件
保留原始材料和正式输出，把本次生成结果写入独立目录。不让脚本直接复制expected中的旧文件当新结果；网络来源需要固定版本与合法获取路径，不能依赖会变化的私人链接。
按预定判据比对内容
先比较样本量、分母、变量、模型和效应单位，再比较估计值、区间、表图数据。文本日期等非科学差异可另列；浮点容差须事先说明，不能看到差异后放宽直到通过。
记录失败边界，再交给合作者
保存实际执行与差异记录。缺输入、依赖失败或关键结果不符就停止相关结论，不补零、不手改输出凑一致。文件齐全但未运行只能写“待重跑”；一次成功不等于跨环境或研究质量认证。
合成教学片段：验收目标要比“成功生成CSV”更具体
自写教学输入只有一列x，共5行：1、2、3、4和一个空白。预定规则仅对这个算术例求非空值均值，不做插补；应检查总行数5、有效值4、缺失1、均值2.5。它不是患者资料、真实研究结果、统计分析建议或产品实跑。
输出映射可以写为：summary.csv的n_total/n_valid/n_missing/mean_x，对应README的检查项；重跑日志另记实际命令、环境和是否比对。只生成一份写着2.5的文件并不能证明计算实际执行。
若收到均值2.0，应先核查是否把空白填0；若有效值变5，应追查解析或预处理规则。不要先改期望值。这说明交接包要公开规则和分母，而不只是交付一个看起来相同的表格。
让AI先整理交接缺口，不让它替你宣布复现成功
建议提供：你有权使用的文件目录、公开或合成数据字典、现有README、已确认的运行说明和脱敏执行摘要。不要为了整理清单上传患者行、凭据或无权分享的全文。
可改写的输入：仅根据所给材料，按“目标结果—输入版本/位置—执行步骤/参数—输出—验收字段—缺口”整理交接表及README草稿。找不到命令、版本或实际执行证据时写待确认，不编造环境、结果或已通过记录。
可请求的产物是交接表、README草稿与待确认项；这只是建议任务与交付规格，不是本轮真实执行或客户成效。是否能运行具体代码，应另核材料、能力、权限与执行前确认。
交付时应能回答的五个问题
交付时应能回答的五个问题
- 接收者能合法取得相同版本的输入，且字典与参数明确吗？
- 每个关键输出都能找到生成步骤，而非作者本机上的手工文件吗？
- 环境、命令与顺序来自实际验证，未验证部分清楚标了吗？
- 比对了内容、分母、单位和预定容差，而非只看退出0或文件存在吗？
- 失败、未运行、人工步骤与不能公开的部分如实记录了吗？
复现路径清楚仍不能证明研究设计、偏倚控制、数据授权或因果结论正确。PLOS的材料与代码政策是该出版体系的具体要求，不自动等同于所有期刊规则；限制分享时须按适用政策说明原因与合法访问办法，不公开敏感数据。
核验来源
以下官方来源核验于 2026-10-21，页面发布前将再次检查访问条件和更新时间。
- The Turing Way：复现术语与定义
同数据、同分析路径的计算复现及其与新数据验证的区别；术语并非跨学科统一。
- PLOS：材料、软件与代码共享政策
代码、运行文档、依赖及测试材料与共享限制；具体适用范围以当前政策为准。
科研复现与交付
把现有材料整理成可审阅的交接说明
在RigorMed工作台说明你的材料权限、已有文件与希望核查的交接问题，可采用上面的输入。先确认可处理范围与实际交付，再由研究者核对来源、执行记录和差异；不把整理清单当成已完成重跑。